Budovy, v nichž sídlíme
Klášter klarisek byl v Olomouci založen podle pověsti Kunhutou ze Žerotína ve 40. letech 13. století vedle špitálu sv. Ducha na Předhradí. Podle listiny vložené do základního kamene při barokní přestavbě kláštera byl konvent dostavěn již r. 1250. První písemná zmínka o olomouckém klášteře klarisek pochází však až z r. 1298 z listiny krále Václava II. Klášter byl původně zřejmě vybudován ve stylu rané gotiky a do vypuknutí husitských válek minimálně jednou přestavován, resp. dostavován.
Klášterní kostel sv. Kláry, s hlavní lodí převyšující polygonální presbytář, vysokými sedlovými střechami a vstupem z náměstí, stával na místě dnešního kostela (Velký sál). Klášterní komplex byl tvořen budovami obklopujícími dvě nádvoří: obdélný rajský dvůr v sousedství kostela sv. Kláry a malý dvůr nepravidelného tvaru na severní straně areálu.
Již v 1. polovině 18. století se podle svědectví písemných pramenů klášter nacházel v havarijním stavu, proto byla r. 1754 zahájena jeho radikální barokní přestavba. Nejprve vzniklo na skále podél městských hradeb severní křídlo konventu s refektářem dokončené r. 1759. Následovala obě boční křídla, přičemž byly původní budovy kláštera zcela odstraněny, místy až do podloží skály. Přestavba byla realizována olomouckým zednickým mistrem Matějem Kniebandlem. V r. 1772 bylo započato s přestavbou kostela sv. Kláry podle plánu olomouckého stavitele Václava Bedy, od r. 1780 zde pravidelně probíhaly bohoslužby.
Na základě patentu císaře Josefa II. byl však klášter klarisek jako jeden z prvních v Olomouci zrušen v r. 1782 a jeho budovy byly předány kněžskému semináři. Ten byl po dvou letech přestěhován na Klášterní Hradisko, v kostele sv. Kláry našla proto útočiště univerzitní (lycejní) knihovna. Zároveň byl interiér bývalého klášterního kostela vyzdoben malbami Františka Wagnera a vznikla současná fasáda, ovšem mnohem jednodušší, než předpokládal původní návrh stavitele Bedy. Většina klášterních budov byla v té době přeměněna v kasárna. V r. 1907 bylo do kostela na místo knihovny přestěhováno Muzeum arcivévody Ferdinanda se svými přírodovědnými a egyptskými sbírkami. Od r. 1951 slouží komplex bývalého kláštera klarisek jako sídlo Vlastivědného muzea v Olomouci.
Dalším objektem využívaným Vlastivědným muzeem v Olomouci je bývalá školní budova jezuitské univerzity na Denisově ulici. Jedná se o trojkřídlou stavbu zbudovanou v letech 1701-1708. Za duchovního autora architektonického řešení této velkoryse koncipované budovy bývá tradičně považován Giovanni Pietro Tencalla (1629-1702), v poslední době se uvažuje také o Domenicu Martinellim (1650-1718).
Základní kámen ke stavbě školy byl položen 11. května 1701. Realizace stavby byla svěřena olomouckému staviteli Adamu Glöckelovi (+ 1706), který předtím pracoval na Hradisku, kde také shodou okolností realizoval starší upravované Tencallovy koncepty. Po Glöckelově smrti stavbu dokončil v r. 1708 zřejmě jeho syn Lukáš, jezuitská škola se do ní přestěhovala v r. 1710. Autorem kamenických prací, významně dotvářejících monumentální průčelí, byl olomoucký kameník Václav Render, který pro jezuity později pracoval na kostele Panny Marie Sněžné a v koleji. Nástěnnými malbami jezuitskou školní budovu zkrášlil významný olomoucký malíř Jan Kryštof Handke (1694-1774), jedinečné byly zjm. jeho fresky v aule (auditorium maximum) a divadelním sále (auditorium comicum), které se ve fragmentech dochovaly do dnešních dnů.
Spolu s jezuitským konviktem (dnes Umělecké centrum UP), budovou koleje (dnes Vojenský správní archiv) a kostelem Panny Marie Sněžné tvořila školní budova tzv. olomouckou jezuitskou čtvrť (Jesuitenviertel). Po zrušení jezuitského řádu r. 1773 byla využívána c. k. studijním fondem, od r. 1879 se stal vlastníkem objektu vojenský erár. Teprve r. 1959 získalo budovu do své správy Vlastivědné muzeum v Olomouci, které do ní umístilo muzejní sbírky a část odborných pracoven.